פרסים בהם זכתה עדה יונת בישראל ובחו"ל :

-פרס ישראל לשנת תשס"ב (2002)

-דוקטור לשם כבוד מאוניברסיטת בן-גוריון בנגב בשנת 2002

-פרס הארווי, 2002

-נבחרה כחברה זרה של האקדמיה הלאומית למדעים של ארצות הברית, 2003

-פרס לואיזה גרוס הורוביץ, מטעם אוניברסיטת קולומביה, 2005.

-פרס א.מ.ת, 2006.

-פרס רוטשילד, 2006.

-פרס וולף, 2007.

-פרס פאול ארליך-לודוויג דרמשטטר, הפרס הגבוה ביותר בתחום הרפואה בגרמניה, 2007.

-פרס לוריאל-אונסק"ו לנשים במדע 2008.

-דוקטור לשם כבוד מאוניברסיטת אוקספורד בשנת 2008.

-דוקטור לשם כבוד מהאוניברסיטה העברית בשנת 2011.

-דוקטור לשם כבוד מאוניברסיטת ז'וזף פורייה בשנת 2015.

-הפרס החשוב ביותר בחייה, פרס נובל לכימיה על מחקרה בחקר הריבוזום, 2009.